Nella Siena del 1632 i chirurghi si basavano sui trattati del passato, scritti esaminando animali, in quanto considerato eretico aprire corpi umani. Baudolino Fortebraccio, rispettabile cittadino che mai va contro la parola delle Scritture, è però curioso: inizierà a studiare i corpi umani e, insieme a lui, un gruppo di giovani appassionati si riuniranno di notte. Riusciranno a portare alla luce la verità, o saranno costretti a soccombere alla rigida Inquisizione?